Перехід до інформаційного суспільства став приводом, щоб під іншим кутом поглянути на проблеми документознавства.

На даному етапі розвитку документознавства існують деякі проблеми. До них відносяться: не зовсім розроблений методологічний інструментарій, не встановлений поняттєвий апарат, дискусійність багатьох питань. Наприклад, на даний час документознавці досі дискусують з приводу таких базових понять як «документ», «електронний документ», «цінність документа» та ін.

І Ларьков наголошує, що документознавці співвідносять поняття «система документування» та «документаційна система». Хоча документування – це запис інформації на матеріальному носії (в систему документування входять не документи, а способи їх створення).

ІІ Ще одна проблема стосується трансформації документа в історичне джерело. Так, керівник Федеральної Архівної служби Росії В.П. Козлов вважає, що перш ніж стати істор. Джерелом, докум. Проходить три стадії існування :

1. Створення;
2. Існування в якості регулятора процесів і явищ дійсності;
3. Збереження в архіві.

І лише  на 4 стадії - після перетворення його в публічний документ (зняття обмежень доступу до нього), документ стає істор. Джерелом. Опоненти Козлова, як і більшість іноземних дослідників, вважають, що істор. Джерелом документ стає з моменту створення.

ІІІ Проблема експертизи цінності документів пов’язана з тим, що її методологія і методика розроблялась поза рамками загальної теорії документа, охоплюючи лише адміністративне док-знавство та архівознавство.

ІV Проблема загальної класифікації документів. На даний час створені класифікаційні схеми охоплюють окремі системи, комплекси документів. Найбільш розроблені бібліотечні класифікації (Бібліотечна класифікація Дьюі, Уніфікована десяткова класифікація, Бібліотечно-бібліографічна класифікація), класифікації історичних джерел.

V Проблема класифікації документних систем. На даний час існуючі класифікаційні схеми охоплюють окремі сфери роботи з документами. Зокрема в адміністративному документознавстві системи документів поділяються на функціональні та корпоративні. Останнім часом наявні спроби видалити системи ділової, соціально-політичної, науково-технічної, економіко-фінансової документації. Але дана схема охоплює лише спеціальну документацію та оминає масову документовану інформацію (релігійну, естетичну) та особисті документи (листи, щоденники).

VІ Проблема документної комунікації. Документ являє собою поєднання інформації та матеріального носія. Але існування кожної з цих двох складових має свої особливості. Так, рух документа як матеріального носія проходить в тривимірному просторі і астрономічному часі, а рух документованої інформації проходить в соціальному чаксі і просторі. Між тим традиційне док-знавство практично не займається цією проблемою, орієнтуючи рух документів до  проблеми документообігу.